十三行博物館位于臺北縣八里鄉淡水河海0界處的南岸，面積約為62500平方公尺，為民國46年地質(zhì)學(xué)者林朝綮在這里發(fā)現史前的煉鐵遺跡，同時(shí)亦發(fā)現許多史前陶片、石支腳與凹石等，因而判斷此處為史前遺址，并依據該地地名將它定名為十三行遺址，至于命名為“十三行遺址”是根據考古學(xué)習慣，史前遺址的命名多采用發(fā)現地的最小地名，而十三行遺址之所在地，臺北縣八里鄉頂罟村的別名為“十三行莊”因而得名。